株式会社は「所有と経営が分離している」と言われます。株主（出資をする人＝所有者）と取締役（経営をする人）が別という意味です。一方、合同会社は所有と経営が一致しています。合同会社では出資をする人を「社員」（従業員という意味ではありません）といいますが、経営も社員が行います。
しかし、個人事業主の「法人なり」や小規模な会社の場合、株式会社であっても株主＝取締役となっているケースが多いので、実質的な違いはほとんどないかもしれません。その他の違いとしては、社会的信用力と設立費用が挙げられます。
１．社会的信用力（株式会社が有利）
株式会社は誰でも聞いたことがありますが、合同会社という言葉を聞き慣れない方は多いと思います。取引先等から「聞いたことないけど大丈夫かな？」と思われてしまう可能性があります。（上述の通り、小規模な会社の場合は株式会社との違いはほとんどないのですが・・・）
２．設立費用（合同会社が有利）
設立登記の登録免許税は株式会社が15万円～であるのに対し、合同会社は6万円～です。また、株式会社は定款を公証役場で認証してもらう必要があり、この費用が5万円前後かかります。合同会社も定款を作成する必要はありますが、公証役場での認証は不要なのでこの費用はかかりません。
その他、株式会社は取締役の任期が原則2年（最大10年まで伸長可）で、任期満了の都度改めて登記手続きが必要となりますが、合同会社の社員に任期はありません。また、株式会社は毎年決算公告（貸借対照表・損益計算書等を官報や自社Webサイト等に掲示すること）を行わなければなりませんが、合同会社にはこの義務はありません。