備忘録です。（法務局によって扱いが異なるかもしれませんのであくまでご参考です。）
１．登記申請書
「その他の申請書記載事項」に以下の内容を記載します。
下記の者につき、代表取締役等住所非表示措置を講ずるよう申し出ます。
なお、申し出るに当たって、
・株式会社が受取人として記載された配達証明書及び郵便物受領証
・住民票の写し
・実質的支配者の本人特定事項に関する記録の写し
を添付します。
記
資格 代表取締役
住所 ●●市●●●●●●
氏名 ●●●●
２．委任状
委任事項として「代表取締役●●の住所非表示措置の申出に関する一切の件」の記載が必要です。
※登記申請に関する記載のみではダメで、別途上記記載が必要とのことでした。
３．配達証明書及び郵便物受領証
左が郵便局窓口での受付時にもらえる郵便物受領証、右が後日差出人に届く配達証明書です。
宛名に株式会社名のほか担当者名（代表取締役でなくても）を書いても問題ないと思われますが、万が一配達証明書の「受取人の氏名」に担当者名だけ（株式会社名なし）書かれてしまうと添付書類として使えないので株式会社名のみとしました。（私は、郵便局を信用していません。）
４．住民票の写し
これは普通に代表取締役の住民票の写しを添付しました。（個人番号・本籍の記載なし）
５．実質的支配者の本人特定事項に関する記録の写し
ふだん日本司法書士会連合会作成の「犯収法第4条に係るチェックシート」を使用しているので、記入済みの同チェックシートの写しに代表取締役の運転免許証の写しを添付して提出しましたが、「犯収法施行規則の規定により確認した。」と奥書きした上で「司法書士」を冠して署名捺印せよと補正になりました。
法務省のWebサイトには「登記の申請を受任した資格者代理人（司法書士又は司法書士法人に限られます。）が犯罪による収益の移転防止に関する法律（平成１９年法律第２２号）の規定に基づき確認を行った実質的支配者の本人特定事項に関する記録の写し」とあるので、これに該当する書類であることを明確にする意図と思われます。
なお、PDF化して電子署名したものをオンラインで送付してもよいとのことだったので、そのように対応しました。
６．原本還付
法務省のWebサイトには原本還付の可否につき何も記載がありませんが、「配達証明書及び郵便物受領証」「住民票の写し」とも原本還付できました。（「実質的支配者の本人特定事項に関する記録の写し」は元々コピーを提出しているので還付手続きせず。）